Markdownでは、前後を空白行で囲まれていると段落として扱われます。つまり、文章を段落分けする場合は、空行を挿入します。

通常の文章（改行）
通常の文章

のように単純に改行しただけでは、下のように段落わけされていない一つの文章のようになります。

通常の文章 通常の文章

これを段落わけするためには、間に１行分空白行を入れます。

段落1の文章
（間に空行）
段落2の文章

こうするとHTMLのソースとしては以下のようになります。

<p>段落1</p>

<p>段落2</p>